Ambos se situam nos Paços da Universidade. O museu alberga uma coleção composta por alfaias litúrgicas, imagens, prataria e objetos utilizados nos ofícios religiosos que datam do século XIII. A primitiva Capela de São Miguel remonta ao reinado de D. Afonso Henriques, sendo a obra atual inteiramente de estilo manuelino pelo traço de Marcos Pires que, após a sua morte em 1521, deixou a obra inacabada. No interior a decoração é exuberante, através da existência dos painéis azulejares seiscentistas, da pintura dos tetos abobadados, do retábulo maneirista do altar-mor em talha dourada e pinturas sobre madeira.