Criado no século XV, o mosteiro foi extinto no século XIX, passando para a mão de privados. O conjunto de edifícios foi alvo de extensas obras de renovação e ampliação entre os séculos XV e XX. Adaptado durante algum tempo como residência palaciana dos duques de Bragança, S. Marcos encontra-se presentemente sob a tutela da Universidade de Coimbra. Devido à sua excecional riqueza patrimonial, a igreja está classificada como Monumento Nacional. Na igreja, destaque para um conjunto tumular datado dos séculos XV e XVI: túmulo de Fernão Teles de Meneses, datado de 1481, e túmulo de João da Silva e Aires da Silva, da autoria do escultor manuelino Diogo Pires-o-Moço.