O Museu Zoológico está ligado à criação da Faculdade de Filosofia e subsequente organização do Gabinete de História Natural que compreendia colecções dos três reinos da Natureza. Com incidência no estudo das faunas de Portugal e antigas colónias portuguesas o património do Museu é predominantemente constituído por espécies pertencentes aos diferentes grupos existentes, bem como já extintos, em algumas destas regiões. Possui também uma coleção de anatomia comparada; uma coleção, única do país, de ovos e ninhos de aves de Portugal e uma coleção de anomalias e monstruosidades.