Localizado no Palácio de São Pedro, uma das mais significativas obras da arquitetura civil portuguesa, de meados do séc. XVIII, possui coleções de estudo que atingem, atualmente, mais de 41.166 exemplares. Tem por princípio o conhecimento da fauna, flora e geologia do arquipélago madeirense.No Aquário Municipal, localizado no rés-do-chão, encontram-se representados os mais importantes elementos da fauna marinha costeira da Madeira.