O CIAJG reúne peças oriundas de diferentes épocas, lugares e contextos em articulação com obras de artistas contemporâneos, propondo uma (re)montagem da história da arte, enquanto sucessão de ecos, e um novo desígnio para o museu, enquanto lugar para o espanto e a reflexão. Possui 13 salas de exposições, distribuídas por três pisos. A coleção permanente de José de Guimarães encontra-se patente no piso 1. As salas dos pisos 0 e -1 são ocupadas por ciclos expositivos que se renovam a cada três meses. Possui ainda uma sala de conferências, uma livraria e uma black box.