Encontra-se instalado num palácio do século XVII e apresenta uma exposição permanente da fauna, flora e geologia da Madeira. Possui 54 espécies de peixes, 247 de aves, 14 de mamíferos terrestres e marinhos, 3 de répteis marinhos, 152 de insetos e outros invertebrados e uma representativa coleção de rochas e minerais do Arquipélago e de fósseis marinhos da ilha de Porto Santo.