O Gabinete de História Natural da Universidade de Coimbra está integrado no Museu da Ciência. O gabinete engloba coleções particulares e algumas resultantes de colheitas efetuadas pelos professores da Faculdade de Filosofia. O progressivo enriquecimento do espólio do Gabinete levou à incorporação de coleções privadas de Domenico Vandelli, Rollen Van Deck e Alexandre Rodrigues Ferreira (1756–1815). Poderão, assim, ser admiradas coleções como as dos diversos peixes do Brasil, cuja origem remonta a uma viagem à Amazónia no século XVIII, e que se encontram conservados em seco pela técnica de herbário.